Fin d'un XIXème siècle futuriste... Le monde vit des heures sombres tandis qu'il est peu à peu peuplé d'Akumas, étranges machines créées par le Comte Millénaire. Aidé du Clan Noé, ses desseins sont simples : détruire l'Humanité. C'est alors qu'entrent en scène les Exorcistes, des moines de l'ombre combattant au service du Vatican. Ils se dressent sur la route du Comte dans le but de ramener la Paix dans le monde grâce à une arme céleste : l'Innocence. Mais cette Guerre Sainte n'est connue que par peu de personnes ; afin de savoir ce qu'il se passe sur le front, il faut prendre part au combat...